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非氧化性杀菌灭藻剂不是以氧化作用杀死微生物，而是以致毒作用于微生物的特殊部位，因而，它不受水中还原物质的影响。非氧化性杀菌灭藻剂通常是氯酚类、季铵盐类的非氧化性化合物。非氧化性杀菌灭藻剂的杀生作用有一定的持久性，对沉积物或黏泥有渗透、剥离作用，受硫化氢、氨等还原物质的影响较小，受水中PH值影响较小。但处理费用相对氧化性杀菌灭藻剂较高，容易引起环境污染，水中的微生物易产生抗药剂型。
常用的非氧化性杀菌灭藻剂有以下几种：双氯酚、二氧氰基甲烷、异噻唑啉酮、十二烷基苄基氯化铵（1227，苯扎氯铵、洁尔灭）、十二烷基二甲基苄基溴化铵（苯扎溴铵、新洁尔灭）等
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